L’EPFGE est maître d’ouvrage des travaux qu’il conduit sur les biens acquis. L’Établissement et la collectivité partenaire en partagent la prise en charge et s’efforcent de trouver des partenaires financiers.
Les travaux conduits sous la maîtrise d’ouvrage de l’EPFGE sont exclusivement des travaux de pré-aménagement. Ils peuvent être envisagés sur des friches industrielles, militaires ou urbaines et peuvent donner lieu, sous condition, à une participation financière de l’EPFGE. Les autres friches notamment commerciales ou agricoles sont exclues de toute participation financière de l’EPFGE. Par exception, certaines friches agricoles, notamment d’anciens silos, peuvent se situer dans le tissu urbain. Elles pourront, au cas par cas, donner lieu à des expérimentations dans la conduite d’opérations de reconversion.
Des travaux peuvent également intervenir sur du bâti vacant ou dégradé, et peuvent donner lieu, sous condition, à une participation financière de l’EPFGE.
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Les travaux conduits par l’EPFGE sont aussi qualitatifs que possible. Il traite des friches au bâti plus ou moins dégradé ; la question de leur sauvegarde et de leur mise en valeur est analysée dans le cadre d’études approfondies (évoquées précédemment). Pour autant, tout ne peut pas être conservé. L’EPFGE est ainsi en mesure de déconstruire en opérant dans certains cas, des travaux de désamiantage voire de gestion de la pollution.
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L’établissement peut également assurer la maîtrise d’ouvrage des travaux de remise en état des terrains (remblaiement, terrassement, remodelage de terrain, pré-verdissement) et de mise en sécurité.
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Enfin, des projets de sauvegarde et de reconversion sont mis en œuvre sur certains sites. L’EPFGE peut apporter son soutien par des travaux de réhabilitation des façades, des portes, des fenêtres et des toitures (clos et couvert).